Reformacija je uhvatila plodno tlo u Drnju, najvjerojatnije u razdoblju kada tamo još nije profunkcionirala katolička župa Sv. Jurja. Očito su ga prihvatili njemački i hrvatski vojnici, a nakon njih i ostalo stanovništvo utvrde Drnje. U izvještaju isusovca Dominika Porte iz Varaždina od 5. lipnja 1684. godine piše da se zbog kalvina u gradu Varaždinu ništa nije dalo napraviti, a jedan kalvin koji je kao trgovac putovao po varaždinskoj okolici namjeravao se iz Varaždina naseliti u Drnje. No on je 1686. godine i dalje ostao živjeti u Varaždinu.  Prema tome podatku možda bi mogli zaključiti da su protestanti smatrali Drnje u vjerskom smislu tolerantnim i za sebe sigurnim područjem. Prema podacima kanonske vizitacije iz 1659. godine u župi Drnje su živjeli brojni heretici, najvjerojatnije protestanti. Zagrebački kanonik Vinković je zapisao: " Istina je doduše, da se narod u toj Krajini zgrnuo iz različitih krajeva i različitih je narodnosti. Među njima nisu rijetki tati i razbojnici, a brojni su heretici. Premda su i sami katolici u mnogim stvarima nastrani, ipak nisu bez pobožnosti. Izuzevši Koprivnicu, nisam dapače prigodom ovoga cijeloga kanonskog pohoda nigdje vidio tako pobožan narod, kao u Drnju."

U Drnju, Virovitici i Legradu su prije 1684. godine vojnici (vjerojatno protestanti) oteli katoličkim župnicima razne predmete poput razbojnika, na što je bosanski biskup Nikola Ogramić zamolio princa Badenskog da naloži potpukovniku Ivanu Makaru da krajišnici vrate porobljene stvari.  Očito je u drugoj polovici 17. stoljeća došlo do povećanja udjela katolika u župi jer se godine 1700. spominje da su nekatolici u župi vrlo rijetki.  Najvjerojatnije je u suzbijanju drnjanskih protestanata bio znatan udio župnika Blaža Pekvarića (drnjanski župnik je bio od 1680. do 1689. godine) koji je kao bivši župnik u Legradu imao iskustva u borbi s međimurskim protestantima. Od njegovog župnikovanja Drnje ima stalne kapelane, što je olakšalo jačanje uloge i utjecaja katoličke crkve na području ove prostorno relativno velike župe. Najkasnije do 1687. godine (najvjerojatnije u doba župnika Pekvarića) nastaje pjesmarica najvjerojatnije drnjanskog školnika Jurja Ščbačića koja zauzima najveći dio Drnjanske pjesmarice.  Zanimljivo je da su u njoj, između ostaloga, zabilježene brojne crkvene pjesme na hrvatskom kajkavskom jeziku koji je za razliku od službenog latinskog jezika bio prihvatljiviji narodu. Usudili bi smo se pretpostaviti da je ova pjesmarica mogla (kroz crkveno pjevanje) imati udio u jačanju katoličke crkve te u istiskivanju protestantizma. Uspjeh u jačanju katoličke crkve na drnjanskom području nije izostao. Godine 1706. se u čitavoj župi Drnje spominje samo nekoliko kuća luterana u kojima je živjelo sedam stanovnika.

Kapetan Juraj Gothal je 12. siječnja 1712. godine iz Koprivnice pismeno izvjestio ratno vijeće u Grazu o župi u Drnju kojoj se daje 6 florena mjesečno za uzdržavanje župnika i kapelana. On je izvjestio da su preci drnjanskih stanovnika nekada bili protestanti, ali da ih 1712. godine više nije bilo te bi morali ići preko Drave u Ugarsku kako bi slušali najbližeg propovjednika. Kako bi suzbili protestante Drnjancima je novi kapelan redovito služio Sv. Misu.  Između 1712. i 1733. je najvjerojatnije postojao ponovni, ali neuspješni, pokušaj doseljavanja (ili povratka) protestanata. Godine 1733. u kanonskoj vizitaciji piše da je u župi Drnje sav narod bio katolički osim dvojice luterana, dok u vizitaciji iz 1738. piše da su u drnjanskoj župi živjeli stanovnici koji su svi bili katoličke vjere.