U Legradu je katolička župa obnovljena tek 1641. godine, jer je ovo trgovište bilo naseljeno pretežno protestantima. Te je godine tamo postojala drvena katolička crkva, a zagrebački biskup Benedikt Vinković je u Legrad poslao svećenika Andriju Vinkovića koji je trebao doći na mjesto ranije protjeranog svećenika. Prigodom upućivanja svećenika u Legrada zagrebački biskup je napisao posebno pismo Nikoli Zrinskom u kojemu ga je molio da pruži pomoć novom katoličkom župniku jer su protestanti tamo bili u većini.  Nova župna crkva Presvetog Trojstva podignuta je 1659. godine nastojanjem legradskog župnika Ivana Stojka i Mihalja Sasa providnika imanja Nikole Zrinskog u Legradu, a prinosima legradskih župljana. U crkvi 1660. godine još nije bilo oltara. Većinu žitelja trgovišta Legrad činili su protestanti.

U Legrad je 1. svibnja 1688. došao zagrebački kanonik Ivan Zubić, koji je obavio kanonsku vizitaciju župe Presvetog Trojstva. U njegovom izvješću je sačuvan opis crkve: “Čovjek bi mislio, da je to zidana crkva. Ipak napravljena je od hrastovih stupova, a opletena šibljem, samo je dobro ožbukana i lijepo povapnjena. Drveni je strop napravio stolar tako vješto, da je sličan svodu. Mjesto običnoga taraca (od kamena ili cigle) postoji u crkvi nabita zemlja. Crkva ima dva drvena kora (nad glavnim i sporednim vratima), a drvena je propovjedaonica crno obojena. uz veliki oltar Presvetog Trojstva u svetištu postoje u crkvenoj lađi pobočni oltari Sv. Antuna Padovanskog i Sv. Franje Ksaverskoga. Pred glavnim ulazom nalazi se drveno predvorje, a nad njim drveni toranj, u kojem vise dva blagoslovljena zvona. Druga dva zvona nisu posvećena, jer su nekada pripadala luteranima. Isto takonije posvećeno niti peto zvono, koje se razvijeno nalazi u sakristiji. Crkva ima šest staklenih prozora u lađi, četiri u svetištu i dva u sakristiji. ” Kanonik ističe, da bi uskoro trebalo graditi novu župnu crkvu, ali na zgodnijem mjestu. Župom je upravljao kapelan Nikola Kiš jer je legradski župnik Mihalj Šimunić postao kanonikom zagrebačkim. Kiša nisu voljeli samo katolici, nego i protestanti, od kojih je već mnoge okrenuo na put istine. Na području župe Legrad je bilo oko 200 katoličkih te oko 700 luteranskih i kalvinskih kuća.  Godine 1690. kanonik Zubić je u Legradu našao župnika Mirka Nilaša, mađarskoga roda, koji je bio uzoran u duhovnoj službi, propovjedao je hrvatski i mađarski. On je u župnom dvoru držao neku muslimansku djevojku koju podučava kršćanskoj vjeri. Imao je i jednog slugu protestantske vjere, koji je odlučio prijeći na katoličku vjeru, kao što su svakodnevno prelazili legradski protestanti. Sam kanonik je vidio kako su neki protestanti u katoličkoj vjeri obavili ispovijed.  Godine 1692. kanonik Nikola Nadaždi je u Legradu također pronašao župnika Nilaša koji rrevno i uspješno obraća protestante, koji su u Legradu brojniji od katolika.  Godine 1693. župom Legrad je upravljao štrigovski kapelan Petar Krušnec, koji nije znao mađarski. Uslijed toga nisu se kod njega mogli ispovijedati protestantski Mađari, koje je tada bilo lako privesti u katoličku crkvu jer nisu imali pokrovitelja.  Zagrebački kanonik Leskovar 1698. godine piše da je legradski župnik Stjepan Prekrit koji govori hrvatski, mađarski, njemački i talijanski. Njega su štovali svi Legrađani: katolici i protestanti. Inovjeraca je još uvijek bilo više od katolika, a među njima su se nalazili luterani, kalvini, židovi, arijanci i cinkvilijanci. U Legradu su se nalazile “gotovo sve narodnosti koje postoje pod nebom” kako piše kanonik, a mnogi inovjerci su prelazili na katoličku vjeru.  Protestanti su u Legradu živjeli u znatnom broju 1716. godine, ali “ipak nisu bili više tako brojni kao prije”.  Protestanti su u Legradu 1747. godine živjeli u 80 kuća.  S vremenom su katolici, upornim zalaganjem legradskih katoličkih župnika uz podršku vlasti, postali većina u trgovištu Legrad,    ali je tamo još 1752. godine živjela značajnija skupina protestanata.