Protestantizam se do sredine 16. stoljeća širio među vojnim posadama u Vojnoj krajini.  Njega su u prvom redu prihvaćali krajiški časnici i vojnici, ali analiza sačuvanih podataka ukazuje da je svoje pristaše imao i među hrvatskim stanovništvom koji je služilo u vojsci ili stanovalo u krajiškim gradovima.

Prve podatke o pojavi protestantizma u Koprivnici imamo od početka posljednje četvrtine 16. stoljeća. Grof Ivan Trautmannsdorf je 16. svibnja 1579. godine zatražio jednog protestantskog svećenika za propovjednika. Godine 1580. je bilo na slavonskoj granici odobreno za jedno propovjednika 20 forinti, za Koprivnicu 10 forinti i za Ivanić 16 forinti.  Tek 28. studenoga 1581. godine je za protestantskog predikanta u Koprivnici postavljen Ivan Šejbić. Čini se da je u gradu djelovao do 1604. godine.

Biskup Šimun Bratulić se 23. srpnja 1604. godine tužio nadvojvodi Ferdinandu da novi protestantski predikant ometa katoličkog župnika te ga je molio, da odstrani iz Koprivnice protestantskog propovjednika, koji u tamošnjoj župnoj crkvi širi nauk Luterov pod okriljem vojnog zapovjednika.  Koprivnički građani su 9. rujna 1636. godine pisali zagrebačkom biskupu Franji Ergeljskom spominjući i protestante. Prema tom pismu, kada je župnik održavao obrede, protestanti su dolazili pred crkvu “s bubnji i piščali”. “Prodecatori Lutheranski” zauzeli su u Koprivnici bivšu franjevačku crkvu “recheni kloster… obdersaliszu bili i dugo ureme szuoia exercitia u nutre i czirkue imeli, kem Lutheranom czirue neszu fratri odteli, nego nas uezdasni plebanus nihove bubnie i piscsali poterusi i nie missalom nun gonecsi, od ke dob unuter vecs neszu szmeli neszmeiu do dan danasni“.

Sve do 1603. godine u Koprivnici nije djelovala katolička crkva sa svojim svećenicima. Od oko 1603. do oko 1612. godine koprivničkim župnikom je bio franjevac Pavao Pribojević, rodom iz Hvara.  Franjevce su u Koprivnicu poslali kako bi obnovili katoličku župu i pokušali preobratiti protestante. Franjevci su ubrzo morali napustiti grad, a Pavla Pribojevića je naslijedio  dijecezanski župnik Matija Šantić koji se spominje 1612. i 1614. godine.   O njegovoj djelatnosti nema podrobnijih podataka.

Matija Bundić se kao koprivnički župnik spominje prije 1634. godine. Koprivnički građani su ga izabrali za župnika no kapetan Fridrik Menspergh ga je otjerao iz grada.  Očito su tada protestanti imali velikog utjecaja u gradu te što je još važnije podršku kapetana. Teško je odrediti točno vrijeme Bundićevog upravljanja koprivničkom župom. Jedino ga je moguće smjestiti u šire razdoblje između 1614. i 1628. godine. Matija Bundić se rodio u Zagrebu 1601. godine. Kao 20-godišnjaka ga je zagrebački biskup 1621. godine poslao na studij logike u Graz.  Isti se 1638. godine spominje kao kanonik i fiskus zagrebačkog kaptola, a krajem 1647. godine je bio katedralni arhiđakon.

Prije 1634. godine, nakon što je kapetan Menspergh otjerao župnika Bundića, koprivnički su građani katoličke konfesije za župnika izabrali Andriju Biankinija. Njega je kao i njegovog prethodnika iz grada udaljio isti koprivnički kapetan.  Biankini je bio rođen oko 1590. godine, školovao se u Zagrebu i Beču. Osim pokušaja ostanka na mjestu koprivničkog župnika od 1628. do 1636. godine je bio župnik u Pušći i Samoboru. Oko 1639. ili 1640. godine je postao zagrebački kanonik. Godine 1648. u zagrebačkoj katedrali je dao obnoviti oltar Sv. Fabijana i Sebastijana. Umro je 30. siječnja 1649. godine.

Protestante je iz grada otjerao katolički župnik s misalom u ruci. Najvjerojatnije se radi o koprivničkom župniku Mariji Sumeru, jer se spominje kao “uezdasni” tj. onaj koji je bio župnikom i 1636. godine.

Vjerski sukobi u Koprivnici nisu bili samo stvar njemačkih vojnika. U njima su, kako smo mogli vidjeti, sudjelovali i građani. U gradu je još 1659. godine dio groblja za sahranjivanje potestanata. U kanonskoj vizitaciji iz iste godine spominje se kod kapele Sv. Lucije “čestica zemlje gdje je od starine bilo pokapanje heretika.”  To je posljednja vijest o protestantima u gradu Koprivnici.